Trong đó, cựu Bộ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Thị Kim Tiến và Nguyễn Kim Trung (cựu Phó Vụ trưởng Vụ Trang thiết bị và công trình y tế, Bộ Y tế), Trần Văn Sinh (cựu Phó giám đốc BQL dự án chuyên ngành Xây dựng công trình y tế, Bộ Y tế) và Đào Xuân Sinh (cựu Giám đốc Công ty SHT) bị truy tố về tội: "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí".

2 bị can Nguyễn Chiến Thắng (cựu Giám đốc Ban Quản lý dự án y tế trọng điểm, Bộ Y tế) và Nguyễn Hữu Tuấn (cựu Giám đốc Ban Quản lý dự án chuyên ngành Xây dựng công trình y tế, Bộ Y tế) bị truy tố về 2 tội danh: "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí" và "Nhận hối lộ".

Riêng bị can Lê Thanh Thiêm (Giám đốc Công ty TNHH Sao Nam Sông Hồng) bị truy tố về tội: "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản".

Theo cáo trạng, trong quá trình thực hiện hai dự án Bệnh viện Bạch Mai và Việt Đức, Ban Quản lý các công trình y tế trọng điểm đã vi phạm về việc thuê tư vấn nước ngoài lập dự án và thiết kế kỹ thuật, thiết kế bản vẽ thi công. Dù không được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt "cho phép thuê tư vấn nước ngoài" nhưng Nguyễn Chiến Thắng (cựu Giám đốc Ban Quản lý dự án y tế trọng điểm) vẫn ký các Tờ trình để bà Nguyễn Thị Kim Tiến ký các quyết định cho phép thuê tư vấn nước ngoài để thực hiện lập 2 dự án và phê duyệt Kế hoạch tuyển chọn phương án thiết kế kiến trúc 2 dự án.

Trên cơ sở phương án thiết kế kiến trúc hai dự án được duyệt, Nguyễn Chiến Thắng chỉ đạo Nguyễn Kim Trung, Nguyễn Hữu Tuấn và Trần Văn Sinh hoàn thiện, hợp thức hồ sơ chỉ định thầu không đúng quy định của pháp luật để Liên danh VK Studio - Viện TTB thực hiện các gói thầu TV4/2014, TV5/2014 và phối hợp Đào Xuân Sinh hoàn thiện, hợp thức hồ sơ chỉ định thầu không đúng quy định của pháp luật. Điều này đã gây thất thoát tài sản Nhà nước hơn 70 tỷ đồng.

Ngoài ra, để đảm bảo tiến độ thực hiện hai dự án, Nguyễn Chiến Thắng đã chỉ đạo Trần Văn Sinh tham mưu để Ban Quản lý dự án y tế trọng điểm có Tờ trình lên Bộ Y tế không phân chia các gói thầu theo tính chất kỹ thuật, trình tự thực hiện, bảo đảm tính đồng bộ của dự án. Tuy Tờ trình đề nghị phê duyệt thiếu căn cứ phân chia các gói thầu nhưng Nguyễn Doãn Tú vẫn chủ trì tổ chức họp, thẩm định, và có phiếu trình để Nguyễn Thị Kim Tiến ký các quyết định phê duyệt, không phân chia các gói thầu theo tính chất kỹ thuật, trình tự thực hiện, bảo đảm tính đồng bộ của dự án.

Trên cơ sở quyết định được Bộ trưởng phê duyệt, Nguyễn Chiến Thắng chỉ đạo người lập, phê duyệt hồ sơ mời thầu, tổ chức lựa chọn nhà thầu và thực hiện gói thầu XDBM-01, XDVĐ-01 không đúng quy định, có nhiều sai phạm, gây khó khăn, vướng mắc trong việc triển khai thực hiện dẫn đến dự án không thực hiện đúng tiến độ, phải dừng thực hiện, không bảo đảm mục tiêu đề ra. Việc này gây lãng phí tài sản Nhà nước hơn 733 tỷ đồng.

Quá trình thực hiện nhiệm vụ được giao, cựu Bộ trưởng Nguyễn Thị Kim Tiến có hành vi sai phạm trong việc phê duyệt kế hoạch lựa chọnnhà thầu nước ngoài lập dự án, lập phương án thiết kế kiến trúc và sai phạm trong việc phê duyệt kế hoạch lựa chọn nhà thầu 2 dự án. Sai phạm dẫn đến 2 dự án bị đình trệ, kéo dài, không đạt được mục tiêu đề ra, gây thất thoát, lãng phí tài sản Nhà nước số tiền hơn 803 tỷ đồng.

TTXVN